 澳洲野犬的祖先是東亞已被馴化的家犬 約9900年前從中國南方出發(fā)最終到達(dá)澳大利亞（圖片：wikipedia） （神秘的地球uux.cn報(bào)道）據(jù)中國科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所（分子進(jìn)化與基因組多樣性學(xué)科組）：澳洲野犬（Canis lupus dingo）英文名dingo，分類學(xué)上屬于犬屬，野犬亞已約年灰狼種，祖到達(dá)常州外圍（外圍模特）電話微信180-4582-8235誠信外圍，十年老店澳洲野犬亞種，先東是被馴澳大利亞特有的一種野生動(dòng)物。它也是家犬一種非常有趣的動(dòng)物，首先，中國最終它生活在與外界孤立的南方澳大利亞，卻不是利亞澳洲的原生物種，由于澳洲的澳洲澳特殊地理位置，澳洲野犬只會(huì)是野犬亞已約年人類遷移澳洲攜帶過去的，因此研究澳洲野犬的祖到達(dá)群體歷史還能反映澳洲古代人群的遷移。另外，先東它原先已被人類馴養(yǎng)，被馴但到達(dá)澳大利亞后又脫離人類控制，家犬重回野生環(huán)境，經(jīng)過了至少五千年的野化，而且，常州外圍（外圍模特）電話微信180-4582-8235誠信外圍，十年老店澳大利亞長期沒有其他犬科動(dòng)物，dingo的野化不會(huì)受到狼或家犬的雜交，這些使得它成為研究野化最好的模型。但是目前澳洲野犬的全基因組研究還是一片空白。中科院昆明動(dòng)物研究所張亞平院士，毛炳宇研究員和瑞典皇家理工學(xué)院的Peter Savolainen教授團(tuán)隊(duì)合作，對澳洲野犬的起源和野化過程進(jìn)行了深入的研究。 張亞平院士領(lǐng)導(dǎo)的國際合作團(tuán)隊(duì)采集測序了10只野生的澳洲野犬和2只新幾內(nèi)亞歌唱犬，并且收集了97個(gè)家犬和灰狼的下載數(shù)據(jù)，組成了109個(gè)全基因組測序數(shù)據(jù)集。研究團(tuán)隊(duì)基于全基因組證據(jù)揭示證明了澳洲野犬的祖先是東亞已被馴化的家犬，在大約9900年前從中國南方出發(fā)，在大約8300年前到達(dá)了澳大利亞，并在澳大利亞迅速野化。并且這個(gè)時(shí)間與南島擴(kuò)散的時(shí)間不相符，可能是一次未知的古代人類到的澳洲的遷移活動(dòng)。我們還利用澳洲野犬這一模型對野化進(jìn)行了研究，發(fā)現(xiàn)了很多有趣的野化基因，這些基因大多與神經(jīng)發(fā)育，免疫，生殖和消化代謝有關(guān)，這些功能都與家犬適應(yīng)野外生存密切相關(guān)。最后我們分析了澳洲野犬的野化模式，發(fā)現(xiàn)了澳洲野犬的一些基因區(qū)域相比較家犬來說更像狼，這可能是由于澳洲野犬來自于還未被完全馴化的早期家犬。我們認(rèn)為這些基因區(qū)域可能對野化和馴化來說都很重要，因此我們針對澳洲野犬一個(gè)和神經(jīng)相關(guān)的基因ARHGEF7上的突變，設(shè)計(jì)了一個(gè)功能驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)這個(gè)澳洲野犬上的突變確實(shí)等影響ARHGEF7基因的表達(dá)。該工作利用了澳洲野犬的基因組推測出了它的群體歷史，而且還提示了一次可能的古代人類遷移，又利用澳洲野犬的野化分析，推導(dǎo)出了他的野化模式，為今后人群遷移和野化研究提供了新的思路。 該工作以“Genomic regions under selection in the feralization of the dingoes”為題發(fā)表在期刊Nature Communications上（https://doi.org/10.1038/s41467-020-14515-6），昆明動(dòng)物研究所張亞平課題組的張少杰，王國棟研究員和毛炳宇課題組的馬鵬程副研究員為共同第一作者，張亞平院士、毛炳宇研究員和瑞典皇家理工學(xué)院的Peter Savolainen教授為通訊作者。 該研究得到了國家自然科學(xué)基金委、中國科學(xué)院B類戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)、中科院“十三五”信息化專項(xiàng)和中科院青年創(chuàng)新促進(jìn)會(huì)的支持。 相關(guān)報(bào)道：澳洲野犬源自何處？中科院兩研究“殊途同歸”：中國古代家犬 （神秘的地球uux.cn報(bào)道）據(jù)中新網(wǎng)北京3月7日電（孫自法）：澳洲野犬既是澳大利亞特有的野生動(dòng)物，卻又非澳洲原產(chǎn)，它源自何處一直以來頗有爭議。中國科學(xué)院兩個(gè)不同科研項(xiàng)目近期分別完成的研究成果卻“殊途同歸”，均認(rèn)為澳洲野犬的祖先是中國古代家犬。 中科院昆明動(dòng)物研究所張亞平院士課題組牽頭的國際團(tuán)隊(duì)，通過采集測序10只野生的澳洲野犬和2只新幾內(nèi)亞歌唱犬，并且收集97個(gè)家犬和灰狼的下載數(shù)據(jù)，組成109個(gè)全基因組測序數(shù)據(jù)集。基于全基因組證據(jù)，該團(tuán)隊(duì)研究揭示澳洲野犬的祖先是東亞已被馴化的家犬，大約9900年前從中國南方出發(fā)，大約8300年前到達(dá)澳大利亞，并迅速野化。由于澳洲的特殊地理位置，澳洲野犬只會(huì)是由人類遷移澳洲攜帶過去，研究澳洲野犬的群體歷史還能反映澳洲古代人群的遷移。張亞平團(tuán)隊(duì)稱，大約9900年前至8300年前這個(gè)時(shí)間，早于南島語系人群擴(kuò)散的時(shí)間，可能是一次未知的古代人類到澳洲的遷移活動(dòng)。 中科院古脊椎動(dòng)物與古人類研究所古DNA實(shí)驗(yàn)室付巧妹研究員團(tuán)隊(duì)與多家科研、考古機(jī)構(gòu)及高校合作，完成中國古代家犬線粒體全基因組的研究結(jié)果顯示，所獲26例中國古代家犬線粒體基因組大多(18/26)屬于A1b單倍型，可能與現(xiàn)生的澳洲野犬及太平洋島嶼殖民時(shí)代之前的家犬直接相關(guān)。該研究推測，A1b單倍型家犬可能曾廣泛分布于長江黃河流域并占據(jù)主導(dǎo)地位，后期擴(kuò)散到中國南方、東南亞、新幾內(nèi)亞、澳大利亞及太平洋的島嶼上，同樣認(rèn)為澳洲野犬的擴(kuò)散早于南島語系人群擴(kuò)散的時(shí)間。 該研究稱，中國古代家犬在約7500年前有一個(gè)明顯的種群擴(kuò)增，這與中國農(nóng)業(yè)起源及人群數(shù)量擴(kuò)張相吻合，也暗示著A1b支系的家犬可能迅速隨農(nóng)業(yè)人群的擴(kuò)張到達(dá)整個(gè)長江黃河流域，并在可能的種群替代事件發(fā)生之前，有一些A1b類型家犬已成功向南擴(kuò)散到澳大利亞、太平洋島嶼及向北擴(kuò)散到東西伯利亞的極地地區(qū)。 至于兩項(xiàng)研究在年代上的差異，付巧妹指出，“時(shí)間上沒有沖突，我們古DNA研究中的年代是樣品的年代，并不代表(澳洲野犬)起源時(shí)間”。 這兩項(xiàng)研究，中科院昆明動(dòng)物所王國棟研究員都是主要參與者之一，他接受中新網(wǎng)記者電話采訪時(shí)表示，澳洲野犬群體起源及野化機(jī)制研究和中國古代家犬線粒體全基因組研究是兩個(gè)不同的科研項(xiàng)目，前者重點(diǎn)方向還包括探索中國古代家犬在澳洲重新野化的過程，后者則側(cè)重對家犬的遺傳歷史和擴(kuò)散路線進(jìn)行研究，兩者的共同結(jié)論，就是從基因?qū)用娴贸霭闹抟叭鹪从谥袊糯胰慕Y(jié)論。 “這也不能說是意外結(jié)果，我們的合作者之一，瑞典皇家理工學(xué)院的Peter Savolainen通過線粒體數(shù)據(jù)分析提出過澳洲野犬的東亞起源假說。中科院這兩個(gè)科研項(xiàng)目分別從現(xiàn)代基因組和古DNA的角度進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)澳洲野犬源自中國古代家犬，嚴(yán)謹(jǐn)一點(diǎn)，就是證實(shí)了它是從中國過去的最大可能性。”王國棟說。 據(jù)了解，中國古代家犬線粒體全基因組研究已經(jīng)在《分子生物學(xué)與進(jìn)化》在線發(fā)表，為明晰東亞地區(qū)家犬的遺傳歷史和擴(kuò)散路線，后續(xù)還需要加入更多東亞地區(qū)和相鄰地區(qū)的古代樣品、特別是東亞南部樣品，開展線粒體和核基因組研究。 澳洲野犬群體起源及野化機(jī)制研究成果發(fā)表于《自然通訊》，它既填補(bǔ)了澳洲野犬的全基因組研究空白，也為今后史前人群遷移和馴養(yǎng)動(dòng)物野化研究提供了新的思路。 相關(guān)報(bào)道：昆明動(dòng)物研究所揭示伊朗家犬在馴化過程中積累的變異組 （神秘的地球uux.cn報(bào)道）據(jù)中國科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所：基因組測序技術(shù)的進(jìn)步為研究馴化過程中快速積累表型變異的遺傳基礎(chǔ)和歷史提供了便利。位于西南亞的新月沃土地區(qū)是現(xiàn)有記錄的大多數(shù)動(dòng)植物的馴化地，并且有研究表明這個(gè)地區(qū)的品種犬和灰狼共享了很高比例的單倍型數(shù)量。 為了進(jìn)一步研究狗馴化過程的遺傳基礎(chǔ)，研究團(tuán)隊(duì)對來自新月沃土東部的伊朗的3只狼和3只狗進(jìn)行了全基因組測序，共鑒定到大約一千二百萬個(gè)單核苷酸突變位點(diǎn)（SNPs），在灰狼中鑒定了一千萬的SNPs，家犬中鑒定了近七百八十萬個(gè)SNPs。此外，還鑒定了三百五十萬個(gè)短片段插入缺失，其中在灰狼中鑒定了三百一十萬個(gè)，家犬中鑒定了二百二十萬個(gè)。同時(shí)，在伊朗的6個(gè)樣品還發(fā)現(xiàn)了10,571個(gè)拷貝數(shù)變異區(qū)段，共154.65Mb，約占家犬基因組的6.41%。進(jìn)一步分析表明家犬比灰狼積累了更多的有害突變。同時(shí)，灰狼比家犬在含子區(qū)域和基因間區(qū)積累了更高比例的突變，但是在編碼區(qū)和3’-UTR則相反。鑒定的結(jié)構(gòu)變異富集在嗅覺和免疫系統(tǒng)。該研究揭示了與灰狼相比，家犬在編碼區(qū)積累了更多的有害突變。第一次解析了伊朗家犬和灰狼的變異圖譜，進(jìn)一步闡釋了家犬馴化的遺傳基礎(chǔ)。 該工作以“Whole genome resequencing of the Iranian native dogs and wolves to unravel variome during dog domestication”為題發(fā)表在國際期刊BMC Genomics上（鏈接：https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-020-6619-8?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg）。克爾曼沙希德貝赫什提大學(xué)（Shahid Bahonar University of Kerman）動(dòng)物科學(xué)系的博士Zeinab Amiri Ghanatsaman和昆明動(dòng)物研究所張亞平課題組的王國棟研究員為共同第一作者。昆明動(dòng)物研究所的張亞平院士和克爾曼沙希德貝赫什提大學(xué)的Ali Esmailizadeh教授為共同通訊作者。 該研究得到了國家自然科學(xué)基金重大項(xiàng)目、中國科學(xué)院國際合作局國際合作項(xiàng)目、中國西南野生生物種質(zhì)資源庫動(dòng)物分庫（國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施專項(xiàng)）贊助。 |